财政支出绩效评价指标是目前各级财政部门所关注的重点问题之一，如何构建一套科学合理、行之有效的专项资金绩效评价体系成为重中之重。依据财政专项资金绩效评价中的经济性、效率性和效果性等几个重要的基本思路，我们从专项资金的规制体系、评价指标、评价标准等方面分析财政专项资金绩效评价体系的建设。
1.财政支出绩效评价指标体系。是指能够反映财政支出结果可量化、可衡量的各类指标体系，包括绩效指标体系和评价标准体系。由于财政支出绩效评价涉及行业多，分布领域较广，财政支出绩效绩效评价指标的设置和选取应充分考虑具体项目或部门的特点与环境等综合因素，并结合经济和社会发展实际，及时对指标体系进行调整和完善。
2.构建策略。构建财政专项资金应当从资金的规制体系、评价指标体系和评价标准体系三个方面入手，使资金的绩效评价有法可依，有据可依。
一是构建财政专项资金规制体系。构建财政专项资金的规制体系应当从整个资金的流动过程进行管理和控制。首先，在立项审批阶段，应当抓紧对资金的事前管理控制，确保专项资金用对方向，投对项目。在立项时就应该针对项目展开详细的调查，制作完整的可行性报告，采用科学严谨的方法对其进行审核评估。其次，在专项资金的拨付与使用环节应当做好事中管理控制，确保专款专用。在项目审批通过之后，财政部门应当直接将专项资金拨付给所需单位，与收款单位确认资金的使用标准与使用款项，保持与项目直接负责人的密切联系，时刻关注专项金额的流动，严格管理专项资金的使用。最后，在项目完成后，应当对专项资金的管理监督做出事后控制与评价，收集整理资金使用过程中所出现的问题，并针对问题做出改进。此外还需对款项的流动进行详细分析，并对项目所取得的效益进行定期追踪，保证专项资金取得应有的效果。只有确保资金在各个环节都能够有效地处于监管控制之中，才能够发挥出其最大的效益。
二是构建财政专项资金绩效评价指标体系。在专项资金的绩效评价过程中，应当注重合规性、经济性、效率性与效果性等几个重要指标，然而，由于专项资金种类繁多，无法采取统一的指标进行评价，因此对于不同的资金应当采取不同的指标。在宏观上来讲，所有的专项资金都可以使用共性指标---合规性与效果性进行评价。合规性指标反映的是专项资金专款专用的程度，考察专项资金是否按照立项审核时的规定与要求来使用，在宏观上确保了每一项资金都能投入正确的地方。效果性则是反映专项资金最终取得的目标与预期目标是否相符。财政部门投入专项资金必然是希望取得成果与效益的，否则就是在浪费资金，因此效果性也是衡量资金使用的重要指标之一。从具体的项目来看，专项资金可以采取个性化的指标--经济性与效率性。由于专项资金投入的领域不同，所产生的效益也各不相同，无法统一比较，因此针对不同的项目应当采取经济性与效率性评价。例如，投入到社会基础设施建设中的专项资金基本不会产生经济效益，投入医疗和卫生中的专项资金带来的效益是人民生活质量与健康程度的提高，投入教育的资金见效较慢等等，这都使得不同的专项资金采取的指标各不相同。
三是构建财政专项资金绩效评价标准体系。构建评价标准体系，指的是通过大量的样本数据以及科学的计算将评价指标通过数值的形式反映出来。这一点可以说是整个评价体系中最重要也是最难的一点，无论是建立完善的资金使用规范还是建立不同的评价指标，如果没有明确的评价标准就都失去了意义。在评价标准的建立过程中，需要财政部门针对不同的领域与项目，针对不同的专项资金做出调查与计算，得出规范合理的参考标准来评价专项资金的各项指标是否达标，只有这样才能够保证资金绩效评价体系的完整性与科学性。